De overgang van Delft naar het kamp van de opstandelingen bracht benauwde tijden voor de geestelijken. De militaire opstandelingenleider Willem van der Mark, heer van Lumey, was berucht om zijn gewelddadig optreden tegen hen. Bekend zijn tegenwoordig nog de Martelaren van Gorcum. Ook de toenmalige rector van het Agathaklooster, Cornelis Musius, vreesde voor zijn leven. Hij dook onder bij bekenden en verborg kostbare kloostergoederen. De komst van Oranje naar Delft stelde Musius enigszins gerust, maar op 10 december 1572 vertrok hij toch naar het nog katholieke Amsterdam met een vrijgeleide van Oranje. Op de weg naar Den Haag werd hij echter onderschept door ruiters van Lumey. Deze brachten hem naar Leiden waar hij langdurig en wreed werd gemarteld. Een ijlbode van Willem van Oranje kon zijn dood niet meer voorkomen, een openlijke aantasting van diens gezag. Musius werd op bevel van Lumey opgehangen. Het gewelddadige optreden van de geuzenleider betekende een gevaar voor de coalitie die Oranje bijeen trachtte te houden in de strijd tegen Filips II. Enkele maanden na de dood van Musius werd Lumey van zijn taken ontheven. Oranje zou persoonlijk zeer geraakt zijn door de wrede dood van deze laatste rector van het Agathaklooster. Door het verblijf van Oranje (met tussenpozen tot zijn dood in 1584) werd het gebouwencomplex bekend als het Prinsenhof.
