De woede over sociale en religieuze misstanden mondde in 1566 dus al voor het uitbreken van de Opstand uit in de Beeldenstorm. Vele kerken en kloosters moesten het ontgelden. De aanwezige beelden en schilderingen werden door de hervormingsgezinden als afgodsbeelden gezien. In Delft werden vernielingen aangericht in de Oude en Nieuwe Kerk en het Minderbroederklooster. Het Agathaklooster was afdoende beschermd. Maar toen Delft in 1572 in handen kwam van de opstandelingen, was het einde van het klooster nabij: de Staten van Holland confisqueerden het klooster. Hoewel de zusters mochten blijven wonen in het complex (de laatste overleed er rond 1640), kreeg het gebouw al snel andere functies. Willem van Oranje nam er in november 1572 zijn intrek en de kloosterkapel werd in 1573 in gebruik genomen door de Waalse gemeente. Met het verblijf van Oranje behield het klooster in ieder geval een van zijn oude functies: het bieden van onderdak aan voorname gasten.









