De zaal heeft vermoedelijk tot de eerste opzet van het klooster behoord. Onder deze ruimte was een kelder (nu restaurant De Nonnerie). Rond 1525 is de kapittelzaal vergroot.
In deze zaal kwamen de bewoonsters van het klooster regelmatig bijeen om met elkaar de regels te bespreken. De zusters zaten vermoedelijk langs de zijkant, terwijl de abdis of mater op de verhoging voorzat. De nieuwe, nog niet ingetreden zusters (novicen) hadden nog geen stem in het kapittel en moesten daarom van bovenaf, in het novicenkoor (22), de bijeenkomst volgen. Na een proefjaar kon de novice opgenomen worden onder de zusters, waarbij ze de gelofte van kuisheid, armoede en gehoorzaamheid aflegde en de kleding van de orde kreeg. Waarom er drie openingen zijn in het novicenkoor is onbekend. Waarschijnlijk is rond 1525 een muur geplaatst, die een scheiding vormt tussen de kapittelzaal en de voorruimte (clausuur en novicenkoor).
Rector Musius was zeer bevriend met de schilder Maarten van Heemskerk, die onder andere De bewening van Christus heeft geschilderd. Het is het enige werk van deze leerling van Van Scorel dat zich nog in Delft bevindt. Het schilderij geeft de fase tussen de kruisafname en de graflegging weer op basis van de vier evangeliën. Het middelpunt van het schilderij ligt bij de gevouwen handen van Maria. De lijst bevat een tekst, die vertaald luidt:Het lichaam, gebalsemd met welriekende specerijen, wordt in een nieuw graf gelegd, alzo bemint Christus slechts de welriekende en reine harten alleen.
In de zeventiende eeuw werd de kapittelzaal pakhuis. Toen het Prinsenhof als kazerne in gebruik was, werd de kapittelzaal als magazijn ingericht.
